La fotoidentificación permite estudiar las diferentes especies de mamíferos marinos mediante la identificación de cada individuo. Generalmente se hace estudiando las marcas, cicatrices, formas de las manchas, etc. presentes en la aleta dorsal de los delfines o en la cola de las ballenas jorobadas.

Este método proporciona varios datos interesantes:

• permite estudiar las relaciones sociales dentro de los grupos de individuos;
• permite estudiar la migración de las especies al poder reconocer al mismo animal en varios lugares;
• permite determinar y monitorizar los parámetros demográficos de las poblaciones (abundancia, reproducción, crecimiento, mortalidad...) mediante la denominada "captura-marcado-nueva captura".

Para realizar estos estudios, a menudo es necesario estudiar catálogos de varios cientos o incluso miles de fotos. Por lo general, esto sólo se consigue gracias a la experiencia y la memoria de los científicos. Sin embargo, poco a poco se van desarrollando herramientas informáticas de análisis de imágenes, que se hacen necesarias a medida que estos catálogos crecen y se comparten entre organizaciones internacionales.

Así pues, la mayoría de las ballenas jorobadas identificadas en el Atlántico están recogidas en el North Atlantic Humpback Whale Catalogue, gracias a la participación de numerosos gestores y asociaciones.

Recientemente, también existe el sitio Flukebook que no sólo sirve como catálogo de identificación fotográfica, sino que permite reconocer automáticamente a los individuos, analizando las fotos de dos en dos, gracias a un software de inteligencia artificial.